Syekh Siti Jenar memiliki nama kecil San 'Ali. Ia lahir sekitar tahun 829 H/1426 M. Ayahnya bernama Syekh Datuk Shaleh, seorang ulama ahli Al-Qur'an di lingkungan Pakuwuan, Caruban, sebelah Tenggara Cirebon.
Saat dewasa, Syekh Siti Jenar menjadi tokoh ulama yang sangat populer terutama di Tanah Jawa. Ulama yang dikenal dengan panggilan Syekh Lemah Abang ini lahir dan besar dari kalangan bangsawan. Dalam silsilahnya, Syekh Siti Jenar merupakan zuriah Rasulullah SAW melalui cucu beliau yang bernama Sayyidina Husain bin Ali bin Abi Thalib Ra.