Sultan Agung Hanyakrakusuma lahir pada tahun 1593 M, di Kotagede, dengan nama Raden Mas Jatmiko. Ayahnya bernama Panembahan Hanyakrawati, Raja kedua Mataram. Sedangkan ibunya bernama Ratu Mas Hadi Dyah Banowati, putri dari Pangeran Benawa, Sultan Pajang terakhir.
Sultan Agung Hanyakrakusuma naik takhta pada tahun 1613 M, menggantikan adik tirinya, Pangeran Adipati Martapura, yang menjadi Raja Mataram hanya dalam waktu satu hari.
Sultan Agung Hanyakrakusuma pernah mendapat gelar "Sultan Abdullah Muhammad Maulana Matarani" dari Kerajaan Arab. Sebagao ucapan terima kasih, beliau mengirimkan uang untuk disedekahkan ke makam Nabi Muhammad SAW.